К компетенции уполномоченного органа относятся:

1) координация деятельности государственных органов в области особо охраняемых природных территорий;

2) реализация государственной политики в области особо охраняемых природных территорий;

3) внесение на утверждение в Правительство Республики Казахстан перечня объектов государственного природно-заповедного фонда республиканского значения;

4) внесение предложений по созданию и расширению особо охраняемых природных территорий республиканского значения;

5) разработка и утверждение нормативных правовых актов в области особо охраняемых природных территорий;

6) утверждение:

размеров тарифов за услуги, предоставляемые особо охраняемыми природными территориями республиканского значения со статусом юридического лица;

порядка разработки проектов естественно - научных и технико-экономических обоснований создания или расширения особо охраняемых природных территорий;

на основании положительного заключения государственной экологической экспертизы - естественно - научных и технико-экономических обоснований по созданию и расширению особо охраняемых природных территорий республиканского значения, а также согласование естественно - научных и технико-экономических обоснований по созданию и расширению особо охраняемых природных территорий местного значения;

проектов корректировки функционального зонирования особо охраняемых природных территорий республиканского значения при положительном заключении государственной экологической экспертизы;

порядка разработки и регистрации (перерегистрации) паспортов особо охраняемых природных территорий республиканского и местного значения;

правил разработки плана управления природоохранной организацией;

символики (эмблемы и флага) природоохранной организации, а также порядка разработки и использования символики природоохранного учреждения;

правил посещения особо охраняемых природных территорий физическими лицами;

7) рассмотрение отчетов центральных и местных исполнительных органов по вопросам состояния, охраны, защиты, использования и финансирования особо охраняемых природных территорий, находящихся в их ведении;

8) разработка программы развития системы особо охраняемых природных территорий и экологических сетей;

9) организация разработки естественно - научных и технико-экономических обоснований по созданию и расширению особо, охраняемых природных территорий республиканского значения, находящихся в его ведении;

10) организация разработки и утверждение планов управления особо охраняемыми природными территориями, находящимися в его ведении;

11) руководство особо охраняемыми природными территориями, находящимися в его ведении, обеспечение проведения их охраны, защиты и восстановления, а также научных исследований;

12) организация научно - исследовательских работ на особо охраняемых природных территориях республиканского значения;

13) ведение государственного кадастра особо охраняемых природных территорий;

14) согласование перечня объектов государственного природно-заповедного фонда местного значения по представлению областных (города республиканского значения, столицы) исполнительных органов;

15) осуществление государственного контроля за состоянием, охраной, защитой и использованием особо охраняемых природных территорий и объектов государственного природно-заповедного фонда;

16) разработка и утверждение образцов форменной одежды (без погон), порядка ношения и нормы обеспечения ею государственных инспекторов природоохранных учреждений;

17) согласование генеральных схем организации территории Республики Казахстан, межрегиональных схем территориального развития, комплексных схем градостроительного планирования и иной градостроительной документации, затрагивающей территории экологических коридоров;

18) осуществление международного сотрудничества в области особо охраняемых природных территорий.