К функциям органа управления специальной экономической зоны относятся:

1) взаимодействие с государственными органами по вопросам функционирования специальных экономических зон;

2) предоставление во вторичное землепользование (субаренду) земельных участков и предоставление в аренду (субаренду) объектов инфраструктуры лицам, осуществляющим вспомогательные виды деятельности;

3) заключение и расторжение договоров об осуществлении деятельности;

4) представление уполномоченному органу отчетности о результатах деятельности специальных экономических зон в порядке, установленном уполномоченным органом, на основании ежегодных отчетов участников специальных экономических зон;

5) привлечение участников специальной экономической зоны;

6) привлечение инвестиций для строительства объектов инфраструктуры и для осуществления иных видов деятельности специальных экономических зон;

7) осуществление строительства объектов инфраструктуры согласно утвержденному технико-экономическому обоснованию на земельных участках, не переданных участникам специальной экономической зоны;

8) организация места приема для функционирования центра обслуживания населения по принципу "одного окна";

9) подтверждение фактического потребления ввезенных товаров при осуществлении деятельности, отвечающей целям создания специальных экономических зон;

10) мониторинг выполнения условий договоров об осуществлении деятельности.